丘巨源是南朝齐兰陵人，他在丹阳郡曾经举孝廉。在宋孝武帝大明五年，他协助徐爱撰写了宋国的历史。后来，宋明帝即位后，他被任命为参诏诰，常常在皇帝左右侍奉。他历任诸王府的辅佐官职，最终官至羽林监。然而，当他进入齐国后，被任命为武昌太守，但他并不满意这个职位。与此同时，萧鸾（即齐明帝）被任命为吴兴太守，丘巨源写了一首名为《秋胡诗》的诗作，其中含有讥刺的言辞，因此被视为对齐明帝的冒犯，最终被处死。丘巨源以他的才学而闻名，曾经有一部诗集，但现在已经失传。