学术主张：
谢应芳的著作时，常常提到《辨惑编》这部作品。

《辨惑编》是谢应芳最著名的著作，也是他个人思想体系的体现。这部作品主要反对佛教和道教，是理学理论的精华所在。谢应芳认为生死是自然的规律，他批判了老庄仙佛的说法，致力于破除迷信，认为这些邪说害正道，需要加以批判和排斥。

谢应芳在《辨惑编·异端》一章中指出：“古之为异端邪说者众矣，若老庄仙佛之流，自秦汉以来，惑世尤甚。”他认为老庄仙佛的说法在秦汉以后更加迷惑人心。他还批评了道教的斋醮仪式，认为这是宋徽宗的错误决策，导致了北宋的亡国。他认为求福的行为是妄意的，是对宗社的危害，是对物理的无知。他以明天历年间的大疫为例，指出那些只求医药而不求祈祷的人大多能够幸存，而那些求神保佑的人却死亡，从而揭示了佛道的虚伪性。

《辨惑编》是中国古代朴素唯物主义的重要著作，对明初的思想界产生了巨大的影响。它的出现，为后世的学术研究提供了重要的参考和借鉴。谢应芳通过这部作品，表达了他对迷信和邪说的批判，强调了理性思维和科学精神的重要性。

除了《辨惑编》，谢应芳还有其他一些著作，如《思贤录》、《龟巢稿》、《怀古录》、《毗陵续志》、《龟巢诗文钞》、《龟巢词》等。这些作品也反映了他的学养和思想倾向。在《武阳志馀》卷十儒林类中记载了他的一些轶事，如他在苏州避难时请求官府黜退吴江三高祠中的范蠡，要求修葺顾雍的墓莹，以及显扬邹忠公浩墓等。他还主张禁止民间办丧事时做佛事等迷信活动，向周郎中上书陈述开荒等五件事，并向何太守请求减少水脚之征，都体现了他关心民生民风的思想。

总的来说，谢应芳的著作《辨惑编》是他最著名的作品，也是他个人思想体系的体现。他通过这部作品批判了佛教和道教的迷信，强调了理性思维和科学精神的重要性。除此之外，他的其他著作和一些轶事也反映了他的学养和思想倾向。谢应芳的思想对明初的学术界产生了重要的影响，为后世的学术研究提供了重要的参考和借鉴。