学术影响：
德川光国是日本水户历史学派的创始人，他的成功与朱之瑜多年来的教育和熏陶密不可分。朱之瑜在日本执教期间，对水户藩和加贺藩的影响最为深远。德川光国介绍了安积觉、今井弘济、小宅生顺等人成为朱之瑜的弟子。加贺藩主前田纲纪也非常尊敬朱之瑜，并执弟子礼，因此他的属臣们也都拜朱之瑜为师。加贺藩的属臣奥村庸礼等人还把服部其衷、五十川刚伯、下川三省等几位儒生介绍到朱之瑜的门下。

随后，安积觉、今井弘济、五十川刚伯、服部其衷、下川三省这五位弟子先后成为朱之瑜的亲近弟子，并负责照料老师的起居、侍奉，以及对外应酬和联系等事务。这五位弟子中，安积觉的成就最为显著，他与德川光国一起成为日本水户学派的领袖人物。他在13岁时拜师朱之瑜，接受蒙学教育。后来因为父亲去世而中断了学业。成年后，安积觉回忆起自己能够取得成就的原因，归功于当年先生的严格教育，“课程严峻，晨读夕诵，故至今不忘耳”。朱之瑜非常喜欢这个体弱多病的学生，亲自为他题写一本作业簿，并督促他每天完成功课。安积觉在晚年还告诫自己的孙辈：“舜水先生的每一句话都是宝贵的，我们的子孙应该像崇拜神明一样尊敬他，不容有丝毫失落。”

朱之瑜对其他几位亲近弟子也同样尽心尽力，爱抚备至。他看到下川三省“温存淳谨”，“像慈母一样关怀他，像严父一样督促他”。学生五十川刚伯有一定的基础，朱之瑜担心他“读书容易，掌握难”，鼓励他不要虚度光阴，要再上一层楼。服部其衷刚开始投奔朱之瑜门下时，因思乡而无法专心学习，朱之瑜既不急躁，也不为他的困扰所动摇，严格要求他。一个月后，服部其衷的学业有了很大进步，与老师的感情也日益深厚。朱之瑜在日本从事教育20多年，期间不仅执教弟子，还有很多其他学生向他请教。在取得成就的学生中，还有林春信、佐左宗淳、人见传等人。

后来的日本学者评价说：“天佑以还，儒学以经世治民为要道，不务空理虚论，皆舜水所赐也……不仅明治维新受到了这种良好影响，朱氏学说本身也得到了发扬光大。”这表明朱之瑜的教育和学说对日本的发展产生了重要影响。他注重实践，强调经世致用，不沉溺于空洞的理论。这种教育理念不仅对明治维新产生了积极影响，也对日本的学术发展起到了推动作用。